L’origine del Lago Maggiore è stata dibattuta per molti anni, e solo nel periodo tra il 1970-1980 una teoria nata dallo studio dei fondali del Mar Mediterraneo è riuscita a spiegare la formazione dei laghi a sud della catena Alpina. La scoperta fu di aver individuato la presenza sul fondo del Mediterraneo di gesso e salgemma, minerali che si formano per evaporazione dell’acqua del mare, indica l’esistenza in passato di una quasi completa evaporazione del Mar Mediterraneo. I geologi sono riusciti a datare questo evento a circa 5,5 milioni di anni fa (nel periodo del “Messiniano“) quando per movimenti delle zolle continentali, quella Europea ed Africana, la comunicazione tra Mar Mediterraneo ed Oceano atlantico si interruppe, impedendo l’arrivo di acqua marina dall’Atlantico.
La conseguente evaporazione provocò l’abbassamento del livello del mare, cosicché i fiumi immissari del Mar Mediterraneo poterono scavare valli molto più profonde di quanto facevano i fiumi a nord dele Alpi che sfociavano in altri mari.
Successivamente, a seguito di movimenti delle zolle continentali e la conseguente riapertura dello stretto di Gibilterra, l’acqua torno a riversarsi nel Mediterraneo riportando il livello del mare alle condizioni pre evaporazione.

Successivamente, con la formazione della Pianura Padana grazie ai sedimenti provenienti dall’erosione delle Alpi, le profonde valli incise durante il Messiniano sono state sbarrate, portando alla formazione dei laghi che oggi vediamo. L’attività dei ghiacciai quaternari (all’incirca dell’ultimo milione d’anni) ha modellato il territorio dandogli l’aspetto di oggigiorno.
L’evento di questa storica evaporazione che ha portato indelebili ed importanti modifiche al territorio del Mediterraneo viene chiamato dai geologi “La crisi di salinità del Messiniano”.